水处理剂之使用季铵盐作为杀生剂时，需要注意

(1)避免与阴离子表面活性剂同时使用。因为大多数情况下可能产生沉淀而使季铵盐失效，但与非离子型表面活性剂共用时，无不良影响。

 

(2)当水中有机物质较多，特别是有各种在水中能解离出负离子的有机竣酸和聚合物存在时，季铵盐易被有机物吸附而消耗，从而使药效下降。

 

(3)不能与氣酚类杀生剂共用。

 

(4)大量的金属离子，如铝离子、亚铁离子等的存在会降低药效，甚至大量的钙离子、镁离子的存在对杀菌率也有一定影响。

 

(5)在一定范围内，温度高时杀菌力增强。50°C时的杀菌力约为常温时的两倍。

 

(6)在弱碱性（pH=7〜9)的水质中效果较好。

 

(7)季铵盐杀菌一般起泡多，常常须使用消泡剂以消除过多的泡沫。但一定程度助起泡特性，可使被剥离下来的微生物黏泥和污垢更易悬浮于水中。

 

(8)由于价格原因，投药方式一般采用与其他杀菌剂交替使用的方式，每隔数日采用一次冲击式大剂量投药，可获得较好的效果。

 

国内有报道用亚氨基二甲叉磷酸（IDPA)等化合物来替代季铵盐分子结构中的Cl-离子或Br-离子，使季铵盐的杀菌能力有所增强，同时具备一定的缓蚀能力。